第十一條專項資金一經批復下達,應按計劃及時組織項目實施。相關主管部門按照“誰主管、誰負責”的原則,承擔日常監督管理職責。項目承擔單位要強化法人責任,按照“誰使用、誰負責”的原則,承擔管理和使用的主體責任,建立健全項目資金管理和使用制度，完善內部控制和監督制約機制;專項資金應當納入項目承擔單位財務統一管理,實行單獨核算,確保專款專用，并建立公開制度對專項資金的管理和使用情況予以公開。
第十二條采用前補助方式支持的專項資金確需調整預算的,按規定進行預算報批調整。
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(一)項目總預算調整、項目主要承擔單位變更(股權變更、該單位名稱變更除外)由項目承擔單位報科技局和財政局,再按規定程序報批。
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(二)項目總預算不變,項目合作單位之間以及增加或減少項目合作單位的預算調整,報科技局和財政局批準。
(三)項目總預算不變,直接費用中的材料費、測試化驗加工費、燃料動力費、出版/文獻/信息傳播/知識產權事務費、其他支出預算如需調整,可由項目負責人根據科研活動的實際需要提出申請，由項目承擔單位批準,科技局在中期檢查或財務驗收時予以確認。
(四)設備費、勞務費、專家咨詢費、會議/差旅/國際合作交流費、間接費用預算原則上一般不予調增,如需調減可按上述程序調劑用于項目其他方面的支出。
第十三條項目實施期間,年度剩余資金可結轉下一年度繼續使用。項目完成任務目標并通過驗收后,結余資金按規定留歸項目承擔單位使用,在兩年內由項目承擔單位統籌安排用于科研活動的直接支出;兩年后未使用完的,按規定收回。未一次性通過驗收或承擔單位信用評價差的,結余資金按原渠道收回.
第十四條項目承擔單位應當嚴格執行國家有關支出管理制度。對應當實行公務卡結算的支出,按照我省財政科研項目使用公務卡結算的有關規定執行。
第十五條項目承擔單位應當嚴格執行國家關于政府采購、招投標、資產管理等規定。行政事業單位使用項目經費形成的固定資產屬于國有資產,一般由單位進行使用和管理,國家有權進行調配。企業、社會組織使用專項資金形成的固定資產,按照國家有關規定執行。